Hay cuatro modos de nutrición para el reino de las Eubacterias: fotoautótrofos, quimioautótrofos, fotoheterótrofos y quimioheterótrofos. Cada uno de estos tiene una combinación diferente de formas en que obtienen energía y carbono.
Los fotoautótrofos son organismos que realizan la fotosíntesis de manera similar a las plantas, y utilizan la luz para generar energía y el dióxido de carbono para generar compuestos de carbono. Los quimioautótrofos también usan dióxido de carbono para producir compuestos de carbono, pero usan sustancias químicas inorgánicas como fuentes de energía en lugar de luz. Los fotoheterótrofos obtienen su energía de la luz solar, pero también ingieren compuestos orgánicos de carbono como fuente de carbono. Los quimioheterótrofos obtienen su energía y carbono al ingerir sustancias químicas orgánicas. En cualquier caso, cuando se genera energía mediante la metabolización de sustancias químicas, la fuente de energía se puede llamar un donante de electrones, y el procesamiento de este donante generalmente requiere un aceptor de electrones, generalmente oxígeno.
Las bacterias que dependen de la ingesta de productos químicos para obtener energía pueden depender del oxígeno o pueden utilizar otros aceptadores de electrones. Las bacterias que generan energía a partir de compuestos químicos sin oxígeno utilizan la respiración anaeróbica o la fermentación. La respiración anaeróbica requiere el uso de aceptadores de electrones alternativos, como nitratos, sulfatos o dióxido de carbono. Las bacterias que usan compuestos inorgánicos para producir energía también pueden usar comúnmente hidrógeno, monóxido de carbono, amoníaco o metales reducidos. La fermentación no utiliza ningún aceptor de electrones alternativo, en lugar de producir productos de desecho como el etanol o el ácido láctico.
