Algunas serpientes se reproducen al poner huevos, mientras que otras especies dan a luz a crías vivas. La reproducción de las serpientes depende de la especie y de la ubicación. En las regiones más frías del mundo, las serpientes se reproducen solo en primavera y verano, mientras que en las regiones cálidas pueden reproducirse durante todo el año.
Al igual que otros reptiles, las serpientes masculinas y femeninas no tienen genitales externos visibles pero sí tienen diferentes órganos sexuales internos. Los dos testículos del macho se encuentran dentro del cuerpo. La serpiente masculina posee dos órganos copuladores, llamados hemipenes, que pueden ser visibles como protuberancias duales en la base de la cola. A diferencia de los humanos y los mamíferos, los heimipenes no están conectados al tracto urinario y solo sirven para fines reproductivos.
Mientras que el macho muestra un comportamiento agresivo durante el cortejo al pelear con otros machos, es la hembra quien elige a su compañero. Durante el sexo, uno o ambos hemipenes pueden insertarse en la cloaca u órgano sexual de la hembra. Después del apareamiento, la pareja se separa permanentemente. El semen puede almacenarse en el cuerpo de la hembra hasta 6 años para fertilizar los lotes posteriores de jóvenes.
Las serpientes que ponen huevos incluyen todas las pitones, serpientes rey, serpientes rata, serpientes de maíz y serpientes de leche. Todas las boas, víboras y culebras nacen vivas.