La vida en el Mayflower fue desagradable y difícil, ya que el viaje de 66 días estuvo lleno de fuertes tormentas en el Atlántico y conflictos entre pasajeros. Muchos de los peregrinos protestantes molestaron a la tripulación y otros pasajeros al intentar forzar su religión en otros, lo que llevó a la lucha a bordo del barco. El mareo, el escorbuto y otras enfermedades del mar eran comunes.
Los ásperos mares del Atlántico en la segunda mitad del viaje del Mayflower tuvieron un costo especial para la tripulación y los pasajeros. Debido a que aquellos que se aventuraron a cubierta se arriesgaron a ser arrojados por la borda debido a las inclemencias del tiempo, la mayoría de los pasajeros permanecieron bajo cubierta durante la mayor parte del viaje. Las familias establecieron divisiones de privacidad en los espacios reducidos, pero los techos bajos y las condiciones oscuras y húmedas hicieron que la situación de la vida fuera muy incómoda.
Los peregrinos protestantes eran una minoría en el Mayflower, con solo 41 de los 102 pasajeros. Al comienzo del viaje, los peregrinos intentaron imponer sus creencias religiosas sobre sus compañeros de barco, a quienes veían con sospecha debido a su resistencia. Finalmente, los dos grupos se dieron cuenta de que la cooperación era la única forma en que podían sobrevivir al viaje y prosperar en el nuevo mundo, y firmaron el Compacto de Mayflower para formar una organización civil. El acuerdo se convirtió en uno de los precursores del gobierno democrático moderno y sirvió de modelo para el gobierno posterior en las Américas.