Los efectos de la lluvia ácida son más prominentes en ambientes acuáticos como lagos, ríos, arroyos y marchas. Sin embargo, la precipitación ácida está dañando cada vez más los ecosistemas forestales a través de la absorción de nutrientes del suelo y el debilitamiento de las defensas naturales de los árboles.
La acidificación crónica y episódica conduce a un aumento en la acidez de los cuerpos de agua y reduce la cantidad de nutrientes disponibles en un ambiente acuático. Muchas especies de plantas y peces son sensibles a los cambios de pH en el medio ambiente y, por lo tanto, no pueden sobrevivir en el agua ácida. Si se adaptan, la reducción de nutrientes debilita la vida de los peces y otras plantas y animales. La lluvia ácida también hace que los cuerpos de agua absorban el aluminio, lo que hace que el agua sea tóxica para las especies que viven en ella. Este efecto dañino para los peces y la vida vegetal se desplaza por la cadena alimenticia a las aves y otros animales.
La lluvia ácida es altamente perjudicial para los ecosistemas forestales. Especialmente en las elevaciones más altas, la precipitación ácida puede dañar los árboles y debilitar sus defensas naturales a las enfermedades y los insectos. La disminución de abetos en el este de los Estados Unidos se acredita a la lluvia ácida. Los depósitos de lluvia ácida también extraen nutrientes clave del suelo, como el calcio y el magnesio, y pueden liberar aluminio en el suelo, lo que dificulta que los árboles absorban el agua que necesitan para sobrevivir. La lluvia ácida también conduce a un exceso de nitrógeno en un ecosistema forestal, que no es dañino de inmediato, pero eventualmente conduce al crecimiento excesivo de algas en lagos y arroyos cercanos.
