Cambiar el nivel de pH puede cambiar la forma de una proteína. Este proceso se llama "desnaturalizar" la proteína. Cuando una proteína se desnaturaliza, no funciona de manera óptima o no funciona en absoluto.
Una proteína tiene una cierta estructura que afecta su función. Por ejemplo, las proteínas como las enzimas ya no pueden unirse a los sustratos si cambian sus estructuras; de manera similar, los anticuerpos no pueden unirse a sustancias extrañas llamadas antígenos si su estructura ha sido cambiada.
Las interacciones entre las cadenas laterales en los aminoácidos que forman las proteínas hacen que se doblen en una forma tridimensional única. Cambiar el nivel de pH altera estas interacciones de cadena lateral, lo que lleva a un cambio en la forma de la proteína. Según el Brooklyn College, algunas proteínas pueden volver a sus formas originales si el nivel de pH vuelve a las condiciones óptimas.
