El fertilizante se ubica en el primer lugar de la lista cuando se trata de contaminantes que tienen efectos nocivos en los ecosistemas acuáticos al agregar químicos y alterar las funciones de los ecosistemas. causan considerables daños en poco tiempo. Los fertilizantes pueden afectar los ecosistemas acuáticos como fuentes puntuales y no puntuales de contaminación, pero independientemente de la entrada, sus efectos son profundos.
Los fertilizantes entran principalmente en ambientes acuáticos en forma de productos químicos, principalmente nitrógeno y fósforo. Sin embargo, también pueden entrar en lagos, arroyos y otros ecosistemas acuáticos a través de recortes de césped y hojas rastrilladas, que se lavan en esos ambientes a través de desagües y depositan grandes volúmenes de fósforo.