Howard Garns, un creador de rompecabezas independiente, inventó Sudoku en 1979, aunque lo llamó "Number Place". Rompecabezas similares prevalecían en el siglo XVIII en Suiza y más tarde en Francia.
Aunque el juego se inventó en Connorsville, Indiana, apareció por primera vez en Japón y creció en popularidad, antes de que se le cambiara el nombre de Sudoku. Un juez de Nueva Zelanda llamado Wayne Gould descubrió el juego mientras estaba en Tokio y desarrolló un programa de computadora que produjo los rompecabezas de Sudoku. En 2004, The Conway, un periódico de New Hampshire, comenzó a presentar Sudoku, y desde entonces la popularidad del rompecabezas ha crecido exponencialmente en Estados Unidos y en todo el mundo.
