Las eubacterias se clasifican en cuatro categorías principales, que son las gramíneas positivas, las proteobacterias, las cianobacterias y las espiroquetas. Las eubacterias son mucho más comunes que las arquebacterias, que son miembros estrechamente relacionados de la división procariota. Las eubacterias viven en muchas áreas del mundo, incluidos algunos de los entornos más extremos e inhóspitos.
Muchas eubacterias son distinguibles solo en el nivel celular más complejo. Las eubacterias grampositivas se identifican y clasifican según una técnica llamada tinción de gram. Este método consiste en detectar el volumen de peptidoglicano que existe en las paredes celulares de estos organismos. Si esta sustancia está presente, los tintes especiales remiten esa información a los investigadores, quienes luego pueden clasificar el organismo como grampositivo. Estas bacterias son maliciosas pero no mortales. En los humanos, causan enfermedades como la faringitis estreptocócica y las infecciones respiratorias. Las proteobacterias incluyen las eubacterias más prevalentes y activas. Un tipo de proteobacterias son las bacterias entéricas, que incluyen la especie E. coli. Este grupo bacteriano incluye organismos que fijan el nitrógeno al convertir el gas en sustancias que luego se utilizan para crear aminoácidos y ácidos nucleicos. Las cianobacterias incluyen organismos que producen oxígeno y se someten a la tarea de la fotosíntesis. Estas bacterias se conocen comúnmente como algas azul-verdes, y aparecen en lagos, arroyos y otros cuerpos de agua. Por último, las espiroquetas son eubacterias en forma de espiral que existen en formas aeróbicas y anaeróbicas.
