Los descomponedores en un ecosistema submarino son organismos de tipo animal llamados protistas, hongos y bacterias. Conocidos como saprotrofos, estos organismos descomponen la materia muerta de plantas y animales de niveles superiores, facilitando la recuperación. Ingreso de nutrientes al ecosistema en forma de nutrientes crudos y dióxido de carbono.
En el ecosistema submarino, las plantas y los animales dejan nutrientes valiosos cuando mueren. Estos nutrientes son una importante fuente de energía para todo el ecosistema. Para que el ecosistema se mantenga saludable, la energía contenida en la materia orgánica muerta, llamada detritus, debe ser reabsorbida. El proceso de descomposición comienza con los secuestradores conocidos como detrivores, que se alimentan de materia orgánica fácilmente consumible. Protistas, hongos y bacterias luego completan el proceso de descomposición al descomponer los materiales más difíciles de digerir, como los huesos.
Los descomponedores finalmente descomponen todo lo que consumen en nutrientes básicos y dióxido de carbono. Los nutrientes crudos, como el magnesio, el nitrógeno y el fósforo, se devuelven al ecosistema en una forma en la que los productores como las bacterias quimiosintéticas oceánicas pueden sobrevivir. Estas bacterias, a su vez, son importantes fuentes de nutrición para organismos como las almejas y los mejillones. Los nutrientes liberados por los descomponedores saprofróticos también ayudan a la floración del plancton, que es importante para la supervivencia de grandes mamíferos oceánicos como las ballenas.