Los cilios, flagelos y pseudópodos comparten un propósito común para ayudar a las células individuales a moverse entre lugares. Los cilios y flagelos son estructuras permanentes que se usan para nadar a través del agua, mientras que los seudópodos son extensiones temporales de la célula utilizada llegar a arrastrar la celda a lo largo.
Los cilios se encuentran en células con núcleos, generalmente con varios de ellos en dos tipos diferentes en cada célula. Los cilios están construidos con estructuras de proteínas especiales llamadas microtúbulos rodeados por la membrana de la célula. Estos microtúbulos son un elemento del citoesqueleto, un grupo de proteínas que dan estructura a la célula. Múltiples cilios relativamente cortos alinean las células y baten como remos para mover la célula a lo largo.
Las flagellas son largas colas, y generalmente cada célula tiene solo una. Son largos en relación con los cilios. Se encuentran en ambas células con núcleos y en aquellas sin núcleo, pero los dos tipos son diferentes. Los cilios de las células con núcleos son, como los cilios, compuestos de microtúbulos rodeados por la membrana celular. Ellos se mueven hacia adelante y hacia atrás para empujar las células a lo largo. Los de células sin núcleo son estructuras de proteínas únicas que en realidad giran como una hélice larga para empujar las células.
Los seudópodos se encuentran solo en células con núcleos. Estas estructuras se forman tanto para la locomoción como para atrapar alimentos.