Algunas células, incluidas las euglenas y varias especies bacterianas, usan proyecciones similares a colas llamadas flagelos para moverse a través de una superficie. Otras células, incluidos los paramecios, utilizan numerosas proyecciones similares a pelos llamadas cilios para la locomoción.
Las células pueden tener uno o varios flagelos. A veces, todos los flagelos están ubicados en un lado del organismo, y otras veces se dividen entre dos o más lados. La mayoría de las especies que tienen flagelos usan un flagelo para empujarse, en lugar de empujar a través de una superficie. Tienden a moverse en un patrón similar a un sacacorchos. Los flagelos están anclados a las células por estructuras conocidas como axonemas. Dado que el flagelo es una parte viva de la célula, necesita nutrientes para sobrevivir. Estos materiales se pasan a través del axonema y al citosplasma dentro del flagelo.
Los cilios son pequeñas proyecciones que generalmente cubren toda la superficie de una célula. Una sola célula puede tener miles de cilios. Se mueven en un movimiento de remo coordinado de ida y vuelta para impulsar la celda a través de una superficie. Al igual que los flagelos, los cilios están compuestos principalmente de proteínas. Algunas especies también usan sus cilios para otros propósitos que no sean la locomoción. Por ejemplo, los cilios pueden moverse de manera tal que empujen los alimentos en un surco oral o expulsen partículas ofensivas de la superficie de la célula.