Las proteínas que se mueven desde el retículo endoplásmico al aparato de Golgi viajan dentro de los vehículos de transporte recubiertos con COPII. Según la cuarta edición de Molecular Biology of the Cell en el sitio web del NCBI, las vesículas de transporte se separan de una región del retículo endoplásmico conocido como sitios de salida de ER. Estos sitios de salida no tienen ribosomas unidos a la membrana que de otra manera retardarían el proceso.
Las proteínas de carga seleccionadas gravitan hacia las vesículas de transporte, donde eventualmente se concentran. Los científicos creen que estas proteínas de carga tienen una señal de salida que alerta a las proteínas receptoras complementarias de la presencia de la capa COPII en la vesícula en ciernes. Esto ayuda a que las proteínas complementarias se muevan hacia la vesícula. Sin embargo, algunas proteínas sin señales de salida, que generalmente permanecen en la sala de emergencias, también se empaquetan en vesículas en ciernes para pasar al aparato de Golgi. Aproximadamente 200 proteínas de membrana, a menudo de varios tipos, están contenidas dentro de la vesícula de transporte de 50 nanómetros promedio.Sin embargo, no todas las proteínas requieren una vesícula. Cuando las proteínas secretoras se producen en concentraciones muy altas, algunas de ellas se filtran fuera de la sala de emergencias sin la ayuda de los receptores de clasificación. Otras proteínas, por otro lado, no se les permite salir en absoluto. Por ejemplo, cuando las proteínas se despliegan o se pliegan incorrectamente, se retienen dentro de la sala de emergencia en una proteína chaperona.
