Una reacción en cadena de la polimerasa anidada, o PCR anidada, es una alteración de la reacción en cadena de la polimerasa estándar con el fin de frenar la contaminación. CLCSupport explica que la contaminación ocurre como resultado de una unión no especificada dentro de los productos .
Dicha unión ocurre cuando se amplifican los sitios inesperados de unión del cebador. Esto se conoce como error de imprenta. La idea detrás de la anidación, como lo explica el Centro Nacional de Información Biotecnológica, es observar las partes externas de las cadenas de polimerasa en busca de fragmentos grandes. Estos fragmentos contienen los fragmentos pequeños esperados y se pueden amplificar sin crear ambigüedad. Una vez que los fragmentos externos se amplifican, los internos se pueden amplificar con menos contaminación.
