Un merle Chihuahua es un Chihuahua con un pelaje moteado. Merle es un patrón de pelaje que se encuentra en muchas razas de perros domésticos; consiste en manchas de color más oscuras sobre un fondo más claro del mismo tono.
En Chihuahuas, merle está fuertemente asociado con una serie de problemas de salud. Está relacionado con la sordera y las anomalías del ojo, el cráneo y el sistema reproductor. Varios países, incluidos los 83 países que utilizan las normas europeas de la FCI, prohíben el registro de merle Chihuahuas en un esfuerzo por evitar que se sigan reproduciendo. A partir de 2014, el American Kennel Club acepta cualquier abrigo o patrón en chihuahuas con calidad de show, incluido el merle.
