El pKa de un aminoácido depende de su tipo, grupo y cadenas laterales. Por ejemplo, cuando la lisina es parte del grupo ácido carboxílico, tiene un pKa de 2.18, comparado con un pKa de 8.95 cuando es parte del grupo amino y 10.53 con cadenas laterales.
Cuando se encuentra en el grupo de ácido carboxílico, la mayoría de los aminoácidos tienen valores de pKa de poco más de 2, y solo la histidina cae con un pKa de 1.77. Un ácido con un valor pKa inferior a 2 se considera un ácido fuerte, mientras que los anteriores se consideran ácidos débiles. Los aminoácidos en el grupo amino tienen valores de pKa que van desde los 8s altos a los 10s bajos.
