Los murciélagos son depredadores y presas en la cadena alimenticia, ya que estos mamíferos voladores comen muchos tipos de insectos, pero son devorados por los halcones, búhos, serpientes, comadrejas y mapaches. La cadena alimenticia genérica completa. un murciélago de abajo hacia arriba es el siguiente: planta, insecto, murciélago y un ave, mamífero o reptil depredador.
Los murciélagos son vitales para la cadena alimenticia, ya que estas criaturas consumen insectos por billones. Se sabe que las colonias de murciélagos comen toneladas de insectos cada año. Los 30 millones de murciélagos que viven en Bracken Cave en Texas engullen 250 toneladas de insectos cada noche. Una pequeña colonia de 150 pequeños murciélagos marrones puede comer hasta 33 millones de gusanos de raíz en un verano, lo que evita que los agricultores sufran daños potenciales en los cultivos. Los murciélagos comen todo tipo de insectos, desde polillas hasta escarabajos.Las serpientes, mapaches y comadrejas comen murciélagos durante el día cuando las criaturas todavía están dormidas. Los murciélagos también pueden ser matados por aves que atacan a los mamíferos en refugios y los pican hasta matarlos antes de consumirlos. Los peces a veces atrapan a los mamíferos voladores cuando los rozan sobre el agua buscando una comida.
En Australia, las ranas arborícolas verdes enganchan murciélagos en sus bocas cuando pasan volando. En solo unos pocos tragos, los murciélagos están en la garganta de la rana. Las ranas se adaptaron para vivir en pequeñas cuevas donde miles de murciélagos entran y salen cada noche cálida.