Los murciélagos suelen ser cazados por otros animales nocturnos, como los búhos y los halcones, que pueden volar en silencio sin ser detectados y capturarlos mientras están en vuelo. Las serpientes también son otro depredador bien camuflado de murciélagos que comen frutas.
Los murciélagos pueden ser particularmente vulnerables a las serpientes cuando están posados en las casas de los murciélagos que son accesibles. Las serpientes son escaladores hábiles con la capacidad de esperar en la apertura de las cuevas de murciélagos. Comadrejas, mapaches, visones e incluso algunas tarántulas son cazadores oportunistas que también consideran que los murciélagos son una comida sabrosa.
Sin embargo, el hombre es la mayor amenaza para los murciélagos. La captura, la invasión humana y la destrucción resultante del hábitat han tenido un costo. En algunos países donde los murciélagos se consideran una fuente de alimento viable, la caza representa una seria amenaza para las poblaciones de murciélagos.
