Los enemigos naturales de los murciélagos incluyen búhos, halcones, halcones, serpientes y gatos domésticos. En el este de América del Norte, el síndrome de la nariz blanca causada por hongos está causando estragos en la población de murciélagos, a partir de 2014 .
Los búhos no se alimentan exclusivamente de murciélagos, pero están entre los principales depredadores de murciélagos debido a sus hábitos nocturnos. La capacidad de un búho para volar en silencio le permite capturar fácilmente murciélagos voladores. Dos especies de rapaces, el murciélago halcón y el halcón murciélago, tienen una dieta que consiste principalmente en murciélagos. Los murciélagos son pequeños rapaces nativos del norte de México y partes de América del Sur. A menudo se posan y esperan posibles presas y, a veces, incluso sacuden las ramas para despertar a las presas. El murciélago halcón es un rapaz de África, la península malaya y Nueva Guinea. Frecuenta los refugios de murciélagos y vencejos, donde consume más de 10 animales por minuto.
En algunas partes del mundo, las serpientes y los gatos domésticos se aprovechan de los murciélagos. Las serpientes se esconden en los árboles o en las entradas de las cavernas para atrapar a los murciélagos emergentes. Los gatos domésticos ocasionalmente sacan murciélagos de las perchas durante el día e incluso son capaces de agarrar a los animales en pleno vuelo.
A partir de 2014, el síndrome de la nariz blanca es responsable de la pérdida de casi 6 millones de murciélagos en el este de América del Norte desde su aparición, en Nueva York, en 2006. La enfermedad interrumpe la hibernación de los murciélagos, lo que provoca que los animales se despierten con mucha frecuencia y quemar reservas criticas. Además, las estructuras de alimentación del hongo penetran en el tejido y hacen agujeros en las alas de los murciélagos.
