Un átomo neutro que contiene 12 protones es del elemento magnesio. Si el átomo tuviera una carga positiva o negativa, todavía sería del elemento magnesio; sin embargo, sería clasificado como un ión.
Los protones determinan la identidad elemental de un átomo. Si uno quita o agrega protones a un átomo, cambia la identidad. Por ejemplo, si uno elimina un protón de un átomo de magnesio, entonces sería un átomo de sodio. El número de protones en el átomo de un elemento se muestra en la esquina superior izquierda de las celdas en la mayoría de las tablas periódicas; se llama el número atómico. Los protones están cargados positivamente. Las otras partes principales del átomo son electrones cargados negativamente y neutrones no cargados. Los átomos con menos o más electrones que el número atómico están cargados positiva y negativamente, respectivamente. Los átomos con un número variable de neutrones se denominan "isótopos".