El cromosoma que transporta la menor cantidad de genes es el cromosoma Y. El cromosoma Y porta solo unos 344 genes. Los genes en el cromosoma Y determinan el sexo y codifican las características sexuales masculinas.
La ausencia o presencia del cromosoma Y determina el sexo de un ser humano. El cromosoma Y se empareja con el cromosoma X; Este par se llama cromosomas sexuales. Los hombres tienen una X y una cromosoma Y. Cuando un hombre produce células espermáticas, el cromosoma Y, debido a que tiene menos genes que el cromosoma X, no puede intercambiar material genético con su pareja. El cromosoma Y, por lo tanto, pasa de una generación masculina a la siguiente generación masculina en una forma relativamente inalterada. El cromosoma X es mucho más grande que el cromosoma Y. Una mujer posee dos cromosomas X. Cuando su cuerpo forma células de óvulos, las piezas de cada cromosoma X se rompen y se recombinan para crear nuevas combinaciones genéticas.