Fuera de ser cazado por humanos por su pelaje, el mayor depredador de los coyotes son los lobos. De hecho, desde que fue reintroducido en el Parque Nacional Yellowstone en 1995, los lobos han reducido la población de coyotes en un 39 por ciento. , según estudios.
Aunque los lobos a veces comen coyotes, los dos no tienen una relación completa de depredador /presa. En cambio, tanto los coyotes como los lobos se encuentran en la parte superior de su cadena alimenticia y compiten directamente por sus presas, incluso en sitios de matanza reales. Debido a que los lobos muestran cooperación en el comportamiento de su manada mientras los coyotes viven y cazan solos, el coyote se encuentra en una clara desventaja cuando se enfrenta a ellos.