Tres cosas que pueden desnaturalizar las enzimas son la temperatura, el nivel de pH y las concentraciones de sal. Las enzimas son proteínas; Al igual que con todas las proteínas, las enzimas funcionan solo en ciertos entornos óptimos. Estos ambientes óptimos incluyen ciertos rangos de temperatura, niveles de pH específicos y concentraciones de sal particulares.
Si una enzima no se encuentra en su entorno óptimo, puede que no funcione bien o incluso que no funcione. Las enzimas se desnaturalizan, o desfiguran, en ambientes no óptimos. Las enzimas desnaturalizadas pierden sus formas plegadas tridimensionales naturales.
Muchas enzimas no funcionan bien a altas temperaturas. Un aumento de la temperatura generalmente favorece la función enzimática, pero a temperaturas superiores a 40 grados centígrados, muchas enzimas animales ya no funcionan. Un cambio en el nivel de pH afecta a los enlaces de hidrógeno, un tipo débil de enlace que conecta partes de la enzima entre sí; esto cambia la forma de la enzima. Los cambios en la salinidad afectan la unión del grupo R en los aminoácidos, los componentes básicos de todas las proteínas. Estos grupos R, también llamados cadenas laterales de aminoácidos, interactúan entre sí para producir la forma tridimensional de una proteína.