Las vacuolas de células vegetales tienen las mismas funciones vitales de almacenamiento de nutrientes, agua y desechos que las células animales, pero son mucho más grandes porque también proporcionan rigidez estructural en combinación con las paredes celulares de la planta. Esto es por qué las plantas hambrientas de agua caen; Sus células se han desinflado esencialmente. Si una planta viva pero marchita recibe una vez más agua, recupera su rigidez anterior a medida que se rellenan las vacuolas.
Debido al tamaño de las vacuolas en las células vegetales, que a menudo ocupan la mayor parte del espacio en cada célula, se usan para muchas de las funciones para las cuales las células animales usan otros orgánulos. Por ejemplo, las vacuolas de las plantas tienden a ser ácidas y contienen enzimas que actúan como las de los lisosomas en células animales. También contienen muchos compuestos importantes en la defensa celular. A veces, incluso se utilizan para atrapar patógenos y sustancias tóxicas. Su importancia en las células vegetales es mucho mayor que en las células animales.
Sin embargo, las vacuolas de plantas tienen una variedad más allá de las grandes vacuolas centrales llenas de agua. Muchas frutas y semillas tienen vacuolas que almacenan proteínas, por ejemplo. Algunas plantas incluso usan vacuolas para movimientos defensivos rápidos. Si bien las vacuolas de células vegetales difieren mucho de las vacuolas de células animales, tienen varias similitudes con las de las algas e incluso con las levaduras.