Las proteínas tienen estructuras complejas que son dictadas por las cadenas laterales de sus aminoácidos. La naturaleza de las cadenas laterales puede cambiar cuando cambia el pH de su entorno, lo que podría afectar a toda la estructura de la proteína y hacerla inactiva.
Todas las enzimas son proteínas y su función depende de la estructura de la enzima. La estructura de una proteína está dictada por tres niveles. La estructura primaria se refiere a la secuencia de aminoácidos. La estructura secundaria incluye los pliegues locales que forman hélices alfa o láminas beta. La estructura terciaria se forma combinando las estructuras secundarias. Las estructuras secundarias y terciarias están formadas por enlaces entre las cadenas laterales de los aminoácidos. Las enzimas tienen un sitio específico, llamado sitio activo, que se une al sustrato con el que reaccionan para provocar un cambio fisiológico en la célula. Si la estructura del sitio activo cambia, la enzima podría inactivarse. Cambiar el pH del ambiente de la enzima podría cambiar la naturaleza de las cadenas laterales de la enzima y los enlaces que forman. Esto conduce a una estructura diferente a la forma activa de la enzima. La mayoría de las enzimas y proteínas tienden a funcionar a un pH neutro. Hay algunas enzimas que funcionan a un pH más bajo, como las que se encuentran en el estómago. En tales casos, cambiar el pH a un pH neutro los desactiva.
