La principal diferencia entre la profase I y la profase II es el proceso de recombinación genética que ocurre durante la profase I, pero no se repite en la profase II. Durante la profase I, los pares homólogos duplicados se alinean y se cruzan over, que es el proceso por el cual las cromátidas intercambian información genética. Debido a que este proceso ocurre durante la profase I, no es necesario repetirlo durante la profase II.
Prophase I y II son las primeras etapas del proceso de meiosis en dos fases, que es la división celular responsable de producir las células sexuales o gametos que crean la variación genética. Los gametos resultantes tienen cada uno la mitad del material genético de la célula original. Según Prentice Hall, durante la profase I, dos cromátidas no hermanas se alinean para formar una tétrada e intercambiar información genética. Debido a que cada cromátida no hermana es de una célula paterna y una célula materna, se crea una variación genética a medida que cada célula cruza o intercambia información con la otra. Debido a la duración de este proceso, la profase I consume el 90 por ciento del tiempo de un proceso de meiosis en dos partes; por lo tanto, la profase I es considerablemente más larga que la profase II.
Durante la profase II, que ocurre durante la segunda fase de la meiosis conocida como meiosis II, la envoltura nuclear se rompe y se forma el aparato del huso. Luego, los cromosomas comienzan a migrar hacia el centro de la célula. Estos procesos también ocurren durante la profase I.
