La absorción de proteínas, o más precisamente aminoácidos, ocurre en el intestino delgado. Las proteínas son a menudo moléculas enormes que deben descomponerse en aminoácidos y péptidos que son lo suficientemente pequeños para que el intestino delgado pueda absorberlos. Después de esto, los aminoácidos se envían al torrente sanguíneo.
La digestión de proteínas comienza en el estómago, donde el ácido clorhídrico potente comienza la descomposición de las moléculas de proteína. Junto con el ácido del estómago, la proteína se descompone parcialmente por una enzima llamada pepsina. La pepsina es notable porque el ácido en el estómago no la daña. Funciona mejor en un ambiente altamente ácido.
Después de que la proteína se degrada parcialmente en el estómago, continúa hacia el intestino delgado, donde se descompone por las enzimas y los jugos secretados por el páncreas. Estas enzimas dividen las proteínas en aminoácidos y péptidos que contienen dos o tres aminoácidos. Es importante que el cuerpo sea capaz de absorber los aminoácidos, ya que hay nueve que el cuerpo necesita pero no sintetiza.
Las proteasas que son secretadas por las células que recubren el intestino contribuyen aún más a la descomposición de la proteína. Estos aminoácidos y péptidos son luego enviados por el intestino al torrente sanguíneo.