Un elemento es una descripción de un tipo de átomo, por lo que un solo átomo es representativo de un elemento pero no de un elemento en sí. "Un átomo" se refiere a una entidad física; "un elemento" se refiere a un tipo de átomo.
Los átomos se definen por la cantidad de protones que contienen en sus núcleos. El elemento de hidrógeno se refiere a los átomos que contienen un solo protón, mientras que los átomos de helio contienen dos. Un isótopo se define por la cantidad de neutrones que hay en el núcleo, y las moléculas se describen por los átomos que contienen. El agua, por ejemplo, contiene un átomo de oxígeno y dos átomos de hidrógeno, por lo que su nombre científico es dihidrógeno monóxido.
