Los ejemplos de hongos saprófitos pueden incluir Rhizobium y Rhizopus. Los organismos saprofitos se caracterizan por su capacidad de sostenerse alimentándose de materiales orgánicos muertos y podridos.
Los hongos, como Rhizobium, ayudan a mantener la vida de las plantas al proporcionar amoníaco para la vegetación circundante mediante la utilización de nitrógeno absorbido del aire. El Rhizopus es un hongo que se encuentra comúnmente en el pan y hace que se descomponga en nutrientes más simples para ser utilizados por otros organismos. Los hongos saprofitos son esenciales para el ecosistema debido a su función de prevenir la acumulación de materia orgánica muerta y el reciclaje de nutrientes. Usan enzimas para descomponer los cuerpos de animales muertos o materia vegetal en nutrientes, como la lignina, que sirven como fuente de carbono para el ecosistema.