Algunos ejemplos de flagelados incluyen tripanosomas y Giardia lamblia. El tripanosoma es un parásito que causa la enfermedad del sueño cuando entra en contacto con un humano. Giardia lamblia también es un parásito, y causa malestar en el estómago y los intestinos.
Giardia lamblia se encuentra típicamente en ríos y arroyos de montaña. Otros tipos de flagelados incluyen dinoflagelados, comúnmente encontrados como plancton en agua dulce y salada, y euglena, que es un tipo de flagelado de vida libre. La variedad de flagelados volvox, por otro lado, se encuentra típicamente en grupos de colonias.
Para calificar como flagelado, el organismo debe tener un núcleo unicelular y poseer al menos un flagelo que se use tanto para el movimiento como para la sensación. Una gran mayoría de los flagelados poseen una cubierta externa firme o un revestimiento que se parece a la gelatina. La reproducción de estos organismos implica métodos tanto sexuales como asexuales.
Los organismos de esta categoría se pueden dividir en dos grupos diferentes: phytomastigophorea y zoomastigophorea. Los primeros son flagelados que se parecen a las plantas, mientras que los últimos se parecen a los animales. Phytomastigophorea flagellates son capaces de producir alimentos utilizando la fotosíntesis. Los flagelados de Zoomastigophorea, por otro lado, se encuentran en el tracto digestivo de pequeños insectos y son capaces de absorber los nutrientes de la celulosa.