En individuos sanos, el único efecto secundario común de los probióticos es una leve molestia digestiva, como en forma de gas, según el Centro Nacional para la Salud Complementaria e Integrativa. Sin embargo, a partir de 2015, los científicos aún tienen algunas dudas sobre la seguridad a largo plazo de tomar probióticos, y es necesario realizar más investigaciones. Tomar probióticos puede causar infecciones graves en personas que se han sometido a una cirugía recientemente, están gravemente enfermos o tienen sistemas inmunitarios debilitados.
No todos los productos probióticos contienen las mismas hebras de bacterias, lo que significa que es posible que algunos productos sean más seguros que otros, señala el Centro Nacional para la Salud Complementaria e Integrativa. Por ejemplo, los resultados de un estudio indicaron que una línea específica de Lactobacillus parece ser segura para personas sanas mayores de 65 años, pero el estudio no es evidencia suficiente de que el uso de probióticos en general sea seguro en personas de edad avanzada.
A pesar de las afirmaciones de que los probióticos son útiles para controlar una amplia gama de afecciones de salud, hay poca o ninguna evidencia científica disponible, advierte el Centro Nacional para la Salud Complementaria e Integrativa. Existe cierta evidencia de que los suplementos de probióticos previenen la diarrea en personas que toman antibióticos o tienen ciertas infecciones. También hay algunas pruebas de que los probióticos pueden disminuir los síntomas del síndrome del intestino irritable. Se necesita más investigación para establecer qué probióticos específicos son más efectivos para proporcionar estos beneficios y cuánto deben tomar los pacientes para lograrlos.