Las ventajas de un endoskeleton incluyen fuertes propiedades de soporte de peso e incluso crecimiento, mientras que las desventajas incluyen menos protección y apalancamiento para los músculos. En general, los endosqueletos se encuentran en animales más grandes debido a un mejor soporte de peso, ya que los exoesqueletos pueden limitar el crecimiento debido al peso.
Un endoesqueleto se refiere a un esqueleto interno, a diferencia de un exoesqueleto que se refiere a un esqueleto externo. Al ser interno, un endosqueleto puede soportar un mayor peso sin llegar a ser demasiado pesado para el organismo. Un exoesqueleto eventualmente se volverá poco práctico para un organismo, poniendo así límites al tamaño. Además, el endosqueleto puede crecer con el organismo, a diferencia de un exoesqueleto que requiere una muda regular, ya que es rígido y no crece.
Al ser interno y cubierto por músculos y tejidos, un endoskeleton ofrece poca protección al organismo. También hay áreas menos rígidas contra las que los músculos pueden tirar, lo que da como resultado un menor apalancamiento.