Una de las principales causas de inundaciones es una lluvia intensa, constante y prolongada, junto con el desbordamiento de ríos y otros canales de agua. A medida que el agua de lluvia llega y llena los canales del río, el agua se propaga en la llanura de inundación o la tierra al lado del río y causa inundaciones.
Las inundaciones después de fuertes lluvias también se ven afectadas por ciertos factores, entre los que se encuentran los canales de ríos escarpados y poco profundos, la falta de vegetación y las cuencas de drenaje de concreto que evitan que el agua se filtre hacia el suelo y haga que el agua corra más rápido en la llanura aluvial. Los sistemas de drenaje insuficientes, el mantenimiento deficiente de las vías navegables y las alcantarillas defectuosas también contribuyen a las inundaciones.
La causa de las inundaciones también varía según la ubicación geográfica. La marea alta combinada con un clima tormentoso y la baja presión atmosférica es una de las principales causas de inundaciones en las regiones costeras. Los huracanes provocan tormentas destructivas, que pueden elevar rápidamente el agua de la costa hasta varios metros. Una marejada ciclónica puede penetrar en la playa y las zonas bajas más hacia el interior.
Un tsunami o una marejada producida por un terremoto o una perturbación en el fondo del océano puede generar un conjunto de olas que se acumulan lentamente y aumentan la velocidad en aguas menos profundas. A diferencia de una marejada ciclónica, un tsunami se presenta en forma de una ola inmensa que, si se amplifica enormemente, puede causar inundaciones y daños excesivos a las propiedades.