Las partes del hongo son la tapa, branquias o poros, esporas, tallo, anillo, volvo, micelio y hifas. El hongo se puede dividir en secciones subterráneas y aéreas.
La tapa de la seta es la parte superior. Puede ser cónico, plano o esférico y tiene una variedad de texturas según el tipo de hongo y la etapa de desarrollo. Su función es proteger las branquias, que se encuentran en la parte inferior de la tapa y están compuestas por capas delgadas parecidas al papel apiladas una al lado de la otra. Algunas setas tienen poros en lugar de branquias. Estos son pequeños tubos empacados que parecen una esponja. Las branquias y los poros producen esporas, el elemento reproductor del hongo.
El tallo del hongo sostiene la tapa y puede no estar presente en ciertos tipos. El anillo del hongo se encuentra en la parte superior del tallo y es un remanente de una cubierta protectora para las branquias que se rompieron al crecer la tapa. En la base del tallo hay un remanente similar que cubre una vez que protege a toda la seta. La porción subterránea del hongo es el micelio. En su parte más baja, tiene hifas, que son filamentos blancos similares a las raíces que recogen agua y materia orgánica para el hongo.