La principal desventaja de usar fertilizantes artificiales o inorgánicos, según la extensión de la Universidad de Clemson, es que corren el riesgo de contaminar el agua subterránea, y algunos fertilizantes inorgánicos pueden dañar las plantas si se les permite permanecer en el follaje. Además, no agregan tantos nutrientes al suelo como los fertilizantes orgánicos y deben aplicarse con más frecuencia que los fertilizantes naturales, de acuerdo con la Extensión de la Universidad Estatal de Oregón.
Los nutrientes de los fertilizantes artificiales no permanecen en el suelo por mucho tiempo. Por esta razón, los jardineros deben aplicar fertilizantes inorgánicos a su suelo con más frecuencia que los fertilizantes orgánicos. Algunos fabricantes disponen de fertilizantes inorgánicos que liberan sus nutrientes en el suelo más lentamente, y por lo tanto requieren menos aplicaciones.
Los fertilizantes artificiales pasan por un proceso de fabricación, mientras que los fertilizantes orgánicos, como el estiércol, generalmente no se someten a este tipo de tratamiento. El proceso de tratamiento crea fertilizantes que son muy altos en los tres nutrientes principales que necesitan las plantas, que son nitrógeno, fósforo y potasio. Debido a que los fertilizantes inorgánicos tienen concentraciones tan altas de estos minerales, funcionan más rápidamente que los fertilizantes como el estiércol y el compost. Esta es la razón por la cual los fertilizantes artificiales son tan populares entre los jardineros caseros y los agricultores a pesar de sus desventajas potenciales.
