Las presas bloquean las migraciones de peces y evitan que los sedimentos se deslicen río abajo. Cuando se instalan inicialmente, las presas generalmente causan inundaciones en el lado de la presa donde fluye el agua. Las represas crean grandes cuerpos de agua estancada, que tienen algunos peligros, como fomentar la reproducción de mosquitos.
Las represas, especialmente las grandes, pueden causar muchos problemas en el área circundante, especialmente en el área detrás de la represa donde el agua fluye hacia la obstrucción. Hay desventajas tanto para la naturaleza como para las personas que viven en el área.
Hay muchos efectos negativos sobre la naturaleza. Como las represas bloquean los cuerpos de agua que fluyen, como los ríos, cualquier animal que dependa del flujo para reproducirse o como parte de su ciclo de vida se pone en peligro. Los peces migratorios que se aparean en un lugar diferente al que viven el resto de sus vidas, por ejemplo, no pueden aparearse y pueden disminuir en la población. La acumulación de agua también es peligrosa para la vida vegetal que crece en la costa natural del agua. La vida vegetal está sumergida y muere. Además, el sedimento beneficioso que normalmente se lava en el río se bloquea, lo que disminuye la fertilidad del suelo río abajo de la presa.
Muchos humanos son desplazados debido a las represas. Los seres humanos que viven en un área que se va a inundar debido a una nueva presa tienen que reubicarse y perder sus hogares debido al aumento de agua.