Las desventajas de la tecnología de ADN recombinante se agrupan ampliamente en preocupaciones comerciales y ambientales. Cuestiones como la creación de un monocultivo y el control de organismos modificados por los intereses corporativos son generalizados y complejos.
Existe una gran preocupación con respecto a la propiedad de organismos modificados genéticamente por entidades corporativas. Estas entidades en muchos casos tienen patentes sobre la información genética de dichos organismos, lo que genera dudas sobre la capacidad de poseer y legislar los componentes básicos de la vida. Ese control que descansa en el sector corporativo también abre muchas preguntas sobre ética, incentivos económicos y otras prácticas.
Un monocultivo es una población de organismos que se compone de, efectivamente, copias o clones. Estos organismos se vuelven vulnerables de la misma manera, lo que significa que una sola enfermedad o plaga podría eliminarlos por completo. Se considera vital crear y mantener cultivos de reserva de reserva que podrían servir, en tal caso, para reponer las tiendas y recuperar la producción.
Otras preocupaciones relacionadas con el uso de ADN recombinante incluyen el temor persistente de contaminación cruzada y la migración de ADN patentado entre organismos. Las plantas resistentes podrían, teóricamente, conducir a malas hierbas resistentes que podrían ser muy difíciles de controlar. Los organismos recombinantes que contaminan los ambientes naturales son otra preocupación.
