Los biólogos que estudian las relaciones entre grupos de animales se conocen como taxónomos y tienen una amplia gama de herramientas a su disposición para determinar la filogenia exacta de los organismos. Entre estos se encuentran la anatomía general, la similitud de proteínas y la secuenciación directa de genes, según lo relata Rediscovering Biology.
Un método para clasificar los organismos se remonta a los albores de la taxonomía clásica e implica una comparación anatómica burda entre los rasgos físicos de los seres vivos. Las similitudes entre ellos, por lo tanto, se pueden trazar en un árbol tosco de probable parentesco entre especies. Según Rediscovering Biology, este método funciona bien con el sistema clásico que fue desarrollado por primera vez por Charles Linn en el siglo XVIII.
Un método más moderno, y que tiene en cuenta las verdaderas relaciones evolutivas entre los seres vivos, se conoce como cladismo. Este método apunta a desarrollar un verdadero árbol de la vida que puede ser útil para identificar la historia y las relaciones de los organismos. Este sistema a menudo se basa en el análisis directo de la anatomía general, como en la taxonomía clásica, así como en el examen del organismo a nivel molecular para comparar proteínas. Según Rediscovering Biology, los cladistas a veces recurren a una comparación directa, punto por punto, de las secuencias de nucleótidos de los organismos en busca de pistas sobre su verdadera herencia.
