Las bacterias encontradas en el agua del grifo incluyen cryptosporidium, legionella pneumophila, rotíferos, copépodos y Escherichia coli, más comúnmente conocida como E. coli. Los rotíferos y los copépodos se encuentran comúnmente en el agua potable y pueden crecer lo suficiente para ver con el ojo humano, pero rara vez son dañinos para los humanos. E. coli puede existir legalmente en hasta el 5 por ciento de las muestras de agua potable, de acuerdo con los estándares de la Agencia de Protección Ambiental.
Legionella pneumophila, la bacteria que causa la enfermedad de los legionarios, existe de forma natural en el agua, pero a menudo se elimina mediante técnicas de filtración y tratamiento del agua. Sólo en casos raros aparece legionella en el agua potable. En 2015, se produjo un brote en la ciudad de Nueva York debido a agua contaminada, que infectó a 127 personas y mató a 12 personas.
Los desechos fecales humanos y animales son fuentes comunes de contaminación por cryptosporidium, un organismo unicelular. Una persona infectada con cryptosporidium puede experimentar síntomas como diarrea, vómitos y calambres. Las técnicas modernas de filtración y tratamiento de agua filtran aproximadamente el 99 por ciento de esta bacteria del agua potable.
También es posible encontrar la bacteria anabaena circinalis y salmonella enterica en el agua del grifo, así como las esporas de moho de Chaetomium y rhizopus stolonifer, más comúnmente conocidas como moho de pan negro.
