El reino de Monera incluía bacterias y cianobacterias. Los sistemas de clasificación cambian cuando tecnologías como la secuenciación de ADN proporcionan nueva información sobre la relación entre los organismos. Un sistema de tres dominios que consiste en Bacterias, Archaea y Eukarya suplantó al sistema de cinco reinos, y Monera está obsoleta.
Un sistema de clasificación funcional divide a los organismos por sus tipos de células en lugar de por sus genomas. Las bacterias pertenecen a los procariotas, que se distinguen por la falta de un núcleo y de orgánulos dentro de sus células. La mayoría de los procariotas son organismos unicelulares solo visibles bajo un microscopio. Los eucariotas incluyen protistas, hongos, plantas y animales. Las arqueas son procariotas que comparten algunas características con los eucariotas, incluidos los genes similares.