Thomas Jefferson se opuso al impuesto especial sobre los espíritus, comúnmente llamado "impuesto al whisky" o "impuesto al whisky" en ese momento. El impuesto era muy impopular, y Jefferson, prometiendo abolir el impuesto si fuera elegido Presidente en las elecciones de 1800, lo eliminó en 1802.
El impuesto al whisky fue preparado por el secretario del Tesoro Alexander Hamilton en 1791, cuando Thomas Jefferson era secretario de estado bajo la presidencia del presidente George Washington. Para Jefferson, los Estados Unidos deben ser una nación centrada en la agricultura con poca dependencia de las grandes instituciones financieras, como los bancos. Creía que no se debía imponer ninguna deuda a los ciudadanos de los Estados Unidos por más de 19 años, para que la próxima generación pudiera comenzar de nuevo. Después de que Jefferson se convirtió en presidente, su recién nombrado Secretario del Tesoro Albert Gallatin examinó los registros del mandato de Hamilton y concluyó que nunca se había diseñado un sistema financiero más perfecto. Gallatin recomendó mantener el impuesto en su lugar por un corto tiempo, lo que hizo Jefferson, porque era necesario para reducir la deuda nacional.