La función principal del intestino delgado es absorber los alimentos y los nutrientes. Cuando los alimentos entran al estómago, el ácido comienza a descomponerse y algunos nutrientes se absorben en el estómago. Luego, el alimento pasa al intestino delgado, donde las enzimas y el bicarbonato de sodio fluyen desde el páncreas para neutralizar el ácido estomacal restante y descomponer los nutrientes restantes. El intestino grueso absorbe agua y crea materia fecal.
El intestino delgado también desempeña un papel en el sistema inmunológico del cuerpo. La flora intestinal probiótica no solo ayuda en la digestión de compuestos molestos, sino que también aumenta la respuesta inmune del cuerpo.
Cuando los alimentos entran en el intestino delgado, el cuerpo maneja cada tipo de molécula de manera diferente. Los lípidos se descomponen en ácidos grasos y glicerol, mientras que las proteínas se descomponen en aminoácidos y péptidos para una fácil absorción en el cuerpo. Los carbohidratos pueden descomponerse en azúcares simples, pero las moléculas de carbohidratos complejos pueden pasar a través del intestino delgado relativamente intactas. Una vez que llegan al intestino grueso, las bacterias los descomponen y producen gas intestinal como subproducto. Esta es la razón por la cual los alimentos ricos en carbohidratos complejos, como los frijoles, pueden causar molestias intestinales. Para combatir este efecto, enzimas especiales descomponen los carbohidratos complejos antes de que las bacterias tengan la oportunidad de consumirlos, lo que evita la liberación de gas.