La diferencia entre el fluoruro de estaño y el fluoruro de sodio es que solo las primeras mata a las bacterias, mientras que se ha demostrado que ambas reconstruyen el esmalte. El fluoruro de estaño también tiene la desventaja de teñir los dientes cuando se incluye en una compuesto que contiene estaño.
El fluoruro de estaño fue un ingrediente agregado a la pasta dental en la década de 1950 hasta que se desarrolló la alternativa de mejor sabor y más barata, el fluoruro de sodio. El fluoruro de estaño es útil para las personas cuyas glándulas salivales no producen suficiente saliva. La saliva es importante porque ayuda a proteger contra el ácido y la caries dental. Se pretende que el fluoruro de estaño se aplique después del cepillado, una vez al día o según lo indique el dentista y se deje actuar durante 30 minutos antes de que el paciente vuelva a comer o beber. No debe utilizarse como pasta de dientes ordinaria. Los pacientes deben informar a su dentista o farmacéutico acerca de cualquier alergia que tengan antes de usar este producto y mencionar cualquier historial de llagas en la boca.
El fluoruro de sodio, que está presente en muchas pastas de dientes comerciales, también se puede usar como un suplemento oral. En este caso, el consumidor debe tener cuidado de no exceder la dosis diaria recomendada de varias fuentes combinadas. Dado que el fluoruro se agrega al agua potable de muchas comunidades, el gobierno ha emitido directrices sobre la ingesta de fluoruro para bebés, niños, adolescentes y adultos.