La razón principal por la que los científicos y estudiantes manchan las células de la cebolla es facilitar el discernimiento de las diversas estructuras y orgánulos. En la práctica, la mayoría de las células se tratan con tintes o tintes para darles mayor contraste Mejorar la capacidad del investigador para visualizar las características clave. Varias manchas y tintes diferentes son de uso común, incluyendo eosina, yodo y safranina.
Las cebollas y sus células constituyentes son esencialmente incoloras. Si se observan microscópicamente sin tintes ni manchas, es difícil visualizar las partes de las células. Sin embargo, cuando se tiñe, muchas estructuras diferentes de la célula se hacen visibles. Se utilizan diferentes tipos de manchas para ayudar a definir diferentes partes de la célula. Por ejemplo, la tinta de bolígrafo es adecuada para teñir el núcleo de las células de cebolla. El tetróxido de osmio es una mancha negra que se usa para ayudar a aumentar el contraste de los lípidos. El cristal violeta es una mancha utilizada junto con un químico llamado mordiente para teñir las paredes celulares de las células vegetales.
Muchas manchas y tintes son dañinos, por lo que deben usarse solo en células no vivas. Una excepción a esto es toluylene red, que se puede usar en células vivas. Bismark brown es otra mancha que puede usarse en células vivas.
