Las eubacterias se reproducen asexualmente a través de la fusión binaria. La fusión binaria es una replicación completa del material genético de la bacteria que hace que una célula madre se divida en dos células bacterianas idénticas. Puede ocurrir rápidamente en una división cada 20 minutos, lo que explica la increíble capacidad replicativa de las eubacterias.
Al comienzo de la fusión binaria, el material genético de una célula eubacteria se copia para que se formen dos conjuntos de cromosomas. Estas dos copias de los cromosomas se mueven hacia regiones separadas de nucleótidos, y la membrana plasmática comienza a crecer entre las dos copias. Una vez que estas copias duplican su tamaño original, la membrana plasmática se adhiere, separando la célula de eubacteria original en dos células hijas. Estas dos células hijas son independientes entre sí, pero a veces pueden permanecer conectadas. Esta conexión es lo que forma las colonias en algunas especies. Dado que las células producidas a través de la fusión binaria son genéticamente idénticas, se destruyen fácilmente con antibióticos. Para contrarrestar esto, las eubacterias se recombinan a través de la conjugación, la transducción y la transformación.
Las bacterias son un tipo de eubacterias, y algunas poseen la capacidad de entrar en una etapa latente llamada "espora", en la cual descansan hasta que pasan las condiciones de amenaza. Las esporas son resistentes al calor, sequedad severa, radiación y químicos tóxicos.
