Si bien puede ser difícil diferenciar entre dragones barbudos machos y hembras como crías, los machos adultos tienen una serie de agujeros visibles en la parte inferior de sus patas traseras y protuberancias alrededor del ano. Se debe tener cuidado cuando se levanta la cola para detectar protuberancias, ya que elevarla demasiado se corre el riesgo de romper la columna vertebral del animal. Los dragones barbudos macho también tienden a ser más grandes que las hembras, con cabezas y barbas significativamente más grandes.
También hay una diferencia en el comportamiento de balanceo de la cabeza entre los dos géneros, que es más rápido en los machos que en las hembras. Por lo general, un dragón barbudo macho iniciará una rápida visualización de la cabeza y una hembra responderá más lentamente.
Si se mantiene solo un dragón barbudo, el sexo es en gran medida irrelevante para las necesidades y el temperamento del animal, aunque las hembras son generalmente más dóciles que los machos. El sexo se vuelve más importante cuando se mantiene unido a más de un dragón barbudo. Dos o más dragones barbudos machos, por ejemplo, son propensos a la agresión y las peleas. Si bien esto es raro entre las mujeres, no es extraño. Más comúnmente, sin embargo, una relación armoniosa y jerárquica surgirá entre dos o más hembras. Mientras tanto, si un macho y una hembra se mantienen juntos, producirán huevos.
