Euglena excreta los desechos de la misma manera que otros protozoos, a través de un saco de vacuola que puede absorber y expulsar el agua cargada con nutrientes o productos metabólicos. El saco de vacuola se agranda a medida que se acumulan los desechos. Estas vacuolas se descargan con la frecuencia de cada medio minuto.
El citosol de la membrana plasmática de la euglena los hace siempre hipertónicos a su entorno acuático circundante. Esto permite que el agua fluya libremente a través de la membrana plasmática, facilitando la expulsión de los desechos de la vacuola. Las vacuolas contráctiles consisten en dos compartimentos, cada uno de los cuales está rodeado por una membrana diferente. Una membrana se divide en diminutos túbulos y vesículas que contienen enzimas translocadoras de protones que permiten el transporte activo de componentes dentro y fuera de los protozoos. Este transporte activo implica la generación de un gradiente electroquímico a través de las enzimas de la membrana, que bombea componentes de desecho no deseados y bombea nutrientes deseables al protozoo.
La otra membrana sirve como un recinto para un depósito, que carece de las enzimas de la primera. Esta segunda membrana es elástica, permitiendo su expansión para el almacenamiento del exceso de fluido. La membrana elástica puede fusionarse con la membrana de plasma exterior que rodea los dos compartimentos para expulsar productos de desecho no deseados. Además de la expulsión de productos de desecho, la bolsa de vacuolas es responsable de la osmorregulación del interior de la euglena con el entorno que la rodea.
