Según el sitio web del equipo, el equipo de fútbol de los San Francisco 49ers lleva el nombre de las personas que participaron en la Fiebre del Oro de California. Estas personas se conocieron como los 49ers, ya que la fiebre del oro se produjo a partir de 1849. . La sugerencia para el nombre vino del fundador del equipo, Tony Morabito. El logotipo original de los 49ers reflejaba el nombre del equipo, ya que era una imagen de un minero disparando dos pistolas.
El equipo de San Frisco 49ers se formó en 1946. Antes de eso, Morabito se acercó a la National Football League en 1942 con la posibilidad de comenzar un equipo de la Costa Oeste, pero la idea fue rápidamente rechazada. Cuando se formó una nueva liga en 1944, la Conferencia de Fútbol All-American, Morabito comenzó a establecer una franquicia de San Francisco.
Lawrence Shaw fue seleccionado para ser el primer entrenador del equipo. Un total de 32 jugadores fueron elegidos para la primera temporada del equipo, incluidos Frankie Albert, Bruno Banducci y Joe Ventrano. Los 49ers ganaron su primer partido contra los Chicago Rockets. A pesar del éxito inicial, los 49ers terminaron su primera temporada con solo tres victorias.
Morabito retuvo la propiedad del equipo hasta su muerte en 1957. Su hermano menor, Victor, continuó siendo propietario de la familia del equipo, pero el equipo finalmente fue vendido a Edward DeBartolo Jr. en 1977.