La fotosíntesis es responsable de que algunos dinoflagelados obtengan nutrición y la otra mitad obtenga nutrición a través de la fagotrofia y la osmotrofia. La fotosíntesis es un proceso que convierte la energía de la luz en energía química para que el organismo la utilice como combustible cuando sea necesario.
La fagotrofia es un tipo de digestión intracelular y la osmotrofia involucra la ósmosis que causa la absorción de compuestos orgánicos después de disolverlos. Los dinoflagelados son muy comunes en los ecosistemas acuáticos, aproximadamente la mitad son heterótrofos y la otra mitad son fotosintéticos. Debido a la diversidad entre este tipo de protesta, son comunes en el ecosistema de agua dulce y marina, el zooplancton y el fitoplancton. También se encuentran en ambientes de hielo marino y bentónicos.
