Los microorganismos contribuyen a la producción de queso de varias maneras: las bacterias ayudan a acidificar la leche, mientras que las enzimas aceleran la coagulación y las proteínas ayudan a madurar y envejecer el queso. La producción de queso sigue varios pasos precisos, empleando microorganismos en cada etapa. Estos organismos dan estructura, forma, sabor y textura al queso.
La fabricación de queso consiste esencialmente en separar el agua de la leche, lo que se lleva a cabo durante un período de tiempo. El proceso comienza con la separación de los elementos en la leche en dos formas, que son cuajada y suero de leche. Las cuajadas representan las partículas sólidas en la leche, mientras que el suero existe como la porción líquida. Las bacterias ayudan a separar los dos componentes, iniciando el papel de los microorganismos en el proceso de elaboración del queso.
Dos bacterias, bacterias mesófilas y bacterias termófilas, transforman los azúcares de la leche de la leche en ácido láctico. También estabilizan la cantidad de ácido en la leche, reduciendo su acidez. Las bacterias mesófilas aparecen en los quesos más blandos, como el Gouda, la Mozzarella y el Cheddar. Estas bacterias viven a temperatura ambiente pero mueren a altas temperaturas. Las bacterias termófilas, por el contrario, sobreviven a la exposición a altas temperaturas. Estas bacterias producen queso duro, como el Gruyere y el Romano.
Después de separar la leche, los fabricantes de queso agregan enzimas llamadas cuajo. El cuajo acelera la coagulación y produce cuajadas más fuertes. Ayuda a eliminar el exceso de agua, produciendo a su vez quesos gruesos y duros. En la etapa final de maduración, las bacterias e incluso los hongos se ponen a trabajar, descomponiendo las proteínas y creando muchos sabores.