Siguiendo la tradición de nombrar planetas como antiguos dioses romanos, Plutón deriva su nombre del dios romano del inframundo. El Observatorio Lowell nombró al planeta después de recibir la sugerencia de Venetia Burney, de 11 años, de Oxford, Inglaterra. Plutón recibió oficialmente su nombre el 24 de marzo de 1930.
El Observatorio Lowell recibió más de 1,000 nombres sugeridos para el planeta. Burney inicialmente sugirió el nombre a su abuelo, quien le pasó la sugerencia a un astrónomo. El astrónomo, Herbert Hall Turner, pasó el nombre a los astrónomos del Observatorio Lowell en Flagstaff, Arizona. El nombre de Plutón se seleccionó por unanimidad de una lista corta, que también incluía los nombres sugeridos Minerva y Cronus.
Las lunas de Plutón llevan el nombre de figuras asociadas con el dios Plutón. Caronte, el primer descubrimiento de las lunas de Plutón, lleva el nombre del barquero del inframundo romano que transporta las almas de los muertos a través del río hasta el inframundo. Descubiertas décadas más tarde, las lunas Nix e Hydra llevan el nombre de la madre de Caronte y el guardián de múltiples cabezas del inframundo, respectivamente. Las lunas descubiertas posteriormente llevan el nombre de Kerberos, un perro de tres cabezas de la mitología griega, y Styx, el nombre del río por el que Caronte transporta las almas al inframundo.
Si bien Plutón es el nombre generalmente aceptado del planeta, algunos idiomas usan el nombre de figuras del inframundo de diferentes tradiciones. Algunas lenguas de Asia oriental llaman al planeta Meiosei. En Hindi, el planeta se llama Yama, mientras que en Maori el planeta se conoce como Whiro.
